- สำนักหอสมุด
- ปฏิบัติการแทนอธิการบดีเกี่ยวกับงานในคณะ หลักสูตร การเรียนการสอน ประเมินผล ปรับปรุงคุณภาพการศึกษา

- ศูนย์การจัดการด้านพลังงานสิ่งแวดล้อม ความปลอดภัย และอาชีวอนามัย (EESH)
- ปฏิบัติการแทนอธิการบดีเกี่ยวกับงานด้านบริหารงานบุคคล วางแผนพัฒนา การเงินและทรัพย์สิน วางระบบ Records Management และการบริหารความเสี่ยงของมหาวิทยาลัย

- สำนักงานวิจัย นวัตกรรมและพันธมิตร
- ศูนย์สอบเทียบและเครื่องมือวัดอุตสาหกรรม
- สถาบันนโยบายวิทยาศาสตร์ เทคโนโลยีและนวัตกรรม
- ปฏิบัติการแทนอธิการบดี กำกับ ดูแล ยุทธศาสตร์ ในภาพรวมที่เกี่ยวกับงานวิจัย

- สถาบันพัฒนาและฝึกอบรมโรงงานต้นแบบ
- สำนักอุทยานวิทยาศาสตร์และอุตสาหกรรม
- สำนักงาน มจธ. บางขุนเทียน
- โรงงานต้นแบบผลิตยาชีววัตถุแห่งชาติ (NBF)

- ศูนย์บริการทางการศึกษาราชบุรี
- สำนักบริหารอาคารและสถานที่
- สำนักงานมหาวิทยาลัยสัมพันธ์ (เฉพาะกลุ่มงานชุมชนสัมพันธ์ กลุ่มงานนักศึกษาเก่าสัมพันธ์ และกลุ่มงานการระดมทุน)
- สำนักงานอำนวยการ

- สำนักงานบริหารทรัพยากรบุคคล (HRM)
- สำนักงานพัฒนาทรัพยากรบุคคล (HRD)
- สำนักงานนิติการ
- กลุ่มงานบริการสุขภาพและอนามัย
- สภาคณาจารย์และพนักงาน
- โครงการพัฒนาบุคลากรของมหาวิทยาลัย

- สถาบันการเรียนรู้
- วิทยาลัยสหวิทยาการ
- สำนักงานพัฒนาการศึกษาและบริการ
- โครงการพัฒนาการเรียนการสอน Micro-Credentials
- โครงการ General Education, e-Kmutt และโครงการพัฒนาเทคโนโลยีเพื่อการศึกษา

- สำนักงานกิจการนักศึกษา
- สำนักงานทะเบียนนักศึกษา
- สำนักงานคัดเลือกและสรรหานักศึกษา
- กลุ่มงานช่วยเหลือทางการเงินแก่นักศึกษา
- โครงการ 2B-KMUTT

- สำนักงานยุทธศาสตร์
- ศูนย์นวัตกรรมนโยบาย
- กลุ่มงานการสื่อสารเชิงกลยุทธ์และการตลาด
- โครงการพัฒนามหาวิทยาลัยในภาพรวม

- สำนักงานคลัง
- สำนักคอมพิวเตอร์
- กลุ่มงานตรวจสอบภายใน (เฉพาะด้านการบริหาร)
- กลุ่มงานจัดการผลประโยชน์และทรัพย์สิน
- สำนักงานจัดหาและจัดการสินทรัพย์
- ศูนย์หนังสือพระจอมเกล้าธนบุรี
- หอพักนักศึกษา

- สนับสนุนการปฏิบัติงานของรองอธิการบดีอาวุโสฝ่ายวิจัยและนวัตกรรม
- สำนักวิจัยและบริการวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี
- สำนักงานวิจัย นวัตกรรมและพันธมิตร
o กลุ่มงานนวัตกรรมและพันธมิตร
o กลุ่มงานการใช้ประโยชน์จากงานวิจัย
- สำนักเคเอกซ์ (หน่วยงานในกำกับ)

- สำนักงานวิจัย นวัตกรรมและพันธมิตร
o กลุ่มงานยุทธศาสตร์วิจัย
o กลุ่มงานบริการวิจัยและโครงสร้างพื้นฐาน
o กลุ่มงานจริยธรรมวิจัยและธรรมาภิบาลวิจัย
o กลุ่มงานสนับสนุนงานบริหาร

- สำนักงานประกันคุณภาพ

- สำนักงานกิจการต่างประเทศ
- ลงนามแทนอธิการบดีในเอกสารเกี่ยวกับนักศึกษาต่างชาติ