6 มีนาคม 2541 สถาบันเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี ได้เปลี่ยนเป็นมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี และได้ปรับระบบเข้าสู่การเป็นมหาวิทยาลัยในกำกับรัฐบาลอย่างเป็นทางการ ตามพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี ที่ได้รับการประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่มที่ 115 ตอนที่ 11ก โดยสมเด็จพระสังฆราชเจ้า กรมหลวงวชิรญาณสังวร เสด็จมาทรงเป็นประธานเปิดแพรคลุมป้าย มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี ณ มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี (บางมด) เมื่อวันที่ 18 สิงหาคม 2541
