- สำนักงานกิจการต่างประเทศ
- สำนักงานกิจการนักศึกษา
- สำนักงานคัดเลือกและสรรหานักศึกษา
- สำนักงานคลัง
- สำนักงานจัดหาและจัดการสินทรัพย์
- สำนักงานทะเบียนนักศึกษา
- สำนักงานนิติการ
- สำนักงานบริหารจัดการทรัพยากรกายภาพ มจธ.บางขุนเทียน
- สำนักงานประกันคุณภาพ
- สำนักงานพัฒนาการศึกษาและบริการ
- สำนักงานมหาวิทยาลัยสัมพันธ์
- กลุ่มงานการสื่อสารเชิงกลยุทธ์และการตลาด
- กลุ่มงานนักศึกษาเก่าสัมพันธ์
- กลุ่มงานระดมทุน
- กลุ่มงานชุมชนสัมพันธ์
- สำนักงานยุทธศาสตร์
- สำนักงานบริหารทรัพยากรบุคคล
- สำนักงานพัฒนาทรัพยากรบุคคล
- สำนักงานอำนวยการ
- กลุ่มงานเลขานุการผู้บริหาร
- กลุ่มงานเลขานุการสภามหาวิทยาลัย
- กลุ่มงานสารบรรณ
- สำนักงานวิจัย นวัตกรรมและพันธมิตร
- ศูนย์การจัดการด้านพลังงานสิ่งแวดล้อมความปลอดภัยและอาชีวอนามัย (EESH)
- ศูนย์บริการทางการศึกษาในเมือง
- ศูนย์บริการทางการศึกษาราชบุรี
- กลุ่มงานจัดการผลประโยชน์และทรัพย์สิน
- กลุ่มงานช่วยเหลือทางการเงินแก่นักศึกษา
- กลุ่มงานบริการสุขภาพและอนามัย
- ศูนย์นวัตกรรมนโยบาย