ประเทศไทยภายใต้บริบทของการเปลี่ยนแปลงที่มีผลกระทบจากต่างประเทศ เศรษฐกิจ สังคม และการเมือง ทำให้เกิดความจำเป็นที่จะต้องมีการพัฒนาระบบราชการอย่างจริงจัง และต่อเนื่อง ได้มีการกำหนดวิสัยทัศน์ใหม่ของการพัฒนาระบบราชการ โดยใช้วิธีการบริหารกิจการบ้านเมืองที่ดี ซึ่งมีคณะกรรมการพัฒนาระบบราชการ (ก.พ.ร.) ไว้ว่า “พัฒนาระบบราชการไทยให้มีความเป็นเลิศ สามารถรองรับการพัฒนาประเทศในยุคโลกาภิวัฒน์ โดยยึดหลักการบริหารกิจการบ้านเมืองที่ดีและประโยชน์สุขของประชาชน” แนวนโยบายการปฏิรูประบบราชการแนวใหม่นี้ ทำให้เกิดการจัดตั้งขึ้นในปี 2544

          ศูนย์นวัตกรรมระบบ มุ่งสร้างความเลิศในการบริหารจัดการระบบการทำงาน เพื่อรองรับกระแสการเปลี่ยนแปลงที่เป็นไปอย่างรวดเร็ว พร้อมทั้งปรับแนวคิดของประชาคมในองค์กรให้พร้อมรับต่อการเปลี่ยนแปลง โดยนำยุทธศาสตร์ นโยบาย ทิศทางการพัฒนาต่างๆ ของประเทศ และประสบการณ์การพัฒนา องค์กรอย่างต่อเนื่อง มาประยุกต์ใช้กับการพัฒนาระบบงานเพื่อให้เกิดการพัฒนาองค์กรอย่างมีประสิทธิภาพประสิทธิผลสูงสุดต่อองค์กร ภารกิจสำคัญของศูนย์นวัตกรรมระบบส่วนหนึ่งคือ การคิดค้นพัฒนาสิ่งใหม่ ดังวิสัยทัศน์หน่วยงาน คือ The Future Innovation ภายใต้แนวคิดการพัฒนาระบบงานที่มุ่งเน้นการมีส่วนร่วมของประชาคมเป็นสำคัญ

• ยกระดับขีดความสามารถและมาตรฐานการทำงาน

• เพิ่มผลผลิตขององค์กร และพัฒนาคุณภาพการทำงานอย่างต่อเนื่อง

• สร้างและปรับแนวคิดอุดมการณ์ร่วมของคนในองค์กรให้เป็นไปในทิศทางเดียวกัน

• ศูนย์สารสนเทศเชิงยุทธศาสตร์ เพื่อการพัฒนาองค์กร