ศูนย์ดัชนีการอ้างอิงวารสารไทย หรือ TCI Centre เกิดจากโครงการวิจัยภายใต้ทุนวิจัยพระจอมเกล้าธนบุรี ปี พ.ศ. 2545 เรื่อง “การศึกษาและจัดทำดัชนีผลกระทบการอ้างอิงของวารสารวิชาการภายในประเทศ” โดย ศ.ดร.ณรงค์ฤทธิ์ สมบัติสมภพ และคณะฯ ได้รวบรวมข้อมูลจากวารสารวิชาการภายในประเทศจำนวน 68 รายการ เพื่อคำนวณหาค่า Journal Impact Factor (JIF) ของวารสารวิชาการไทย ผลจากการดำเนินงาน พบว่า โอกาสที่บทความวิชาการเรื่องหนึ่งๆ ที่ลงพิมพ์ในวารสารวิชาการไทยมีโอกาสถูกนำไปอ้างอิงเท่ากับ 6.9% เท่านั้น จากข้อค้นพบดังกล่าว สำนักงานกองทุนสนับสนุนการวิจัย (สกว.) จึงได้ให้ทุนสนับสนุนแก่คณะวิจัยฯ เพื่อศึกษาจำนวนวารสารให้มากขึ้นภายใต้โครงการวิจัยเรื่อง “การศึกษาวิจัยดัชนีผลกระทบการอ้างอิงของวารสารวิชาการภายในประเทศ” ผลจากการดำเนินงาน พบว่า มีวารสารไทยจำนวน 13 รายการที่มีค่า JIF อย่างต่อเนื่องทุกปี โดยมีค่า JIF เฉลี่ย 0.084 ซึ่งหมายความว่า บทความหนึ่งๆ ที่ตีพิมพ์ในวารสารไทย มีโอกาสถูกนำไปอ้างอิงเพียง 8.4%

สกว. ได้อนุมัติทุนสนับสนุนโครงการการจัดตั้ง ศูนย์ดัชนีการอ้างอิงวารสารไทย ขึ้น เมื่อวันที่ 1 กรกฎาคม พ.ศ. 2547 โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อให้มีการจัดทำฐานข้อมูลสำหรับสืบค้นข้อมูลการตีพิมพ์และข้อมูลการอ้างอิงของวารสารวิชาการไทย รวมทั้งรายงานค่าดัชนีชี้วัดคุณภาพวารสารวิชาการไทยอย่างต่อเนื่องทุกปี การดำเนินงานของศูนย์ TCI ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2545 เป็นต้นมา ก่อให้เกิดผลกระทบด้านบวกในการตีพิมพ์เผยแพร่ผลงานวิชาการในประเทศไทยเป็นอย่างมาก เช่น วารสารบางรายการ โดยเฉพาะวารสารที่มีค่า JIF ต่อเนื่อง มีจำนวนฉบับต่อปีเพิ่มมากขึ้น เนื่องจากมีจำนวนบทความส่งมาพิจารณาเพื่อการตีพิมพ์เพิ่มมากขึ้น วารสารออกตรงเวลามากขึ้น บรรณาธิการวารสารให้ความสำคัญและต้องการให้วารสารของตนเข้ามาอยู่ในฐานข้อมูล TCI มากขึ้น และวารสารมีการแข่งขันในด้านคุณภาพของบทความเพิ่มมากขึ้น เป็นต้น

ในปี พ.ศ. 2551 คณะอนุกรรมการกลุ่มสาขาวิชามนุษยศาสตร์และสังคมศาสตร์ สำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา (สกอ.) ร่วมกับ สกว. ให้การสนับสนุนทุนวิจัยเรื่อง “โครงการจัดทำฐานข้อมูลวารสารไทย: สาขามนุษยศาสตร์และสังคมศาสตร์“ แก่ศูนย์ TCI  เพื่อจัดทำฐานข้อมูลสำหรับสืบค้นข้อมูลการตีพิมพ์ และข้อมูลการอ้างอิงของวารสารไทยสาขามนุษยศาสตร์และสังคมศาสตร์  ศูนย์ TCI จึงได้ร่วมมือกับสำนักหอสมุด มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ โดย คุณศรีจันทร์  จันทร์ชีวะ ผู้อำนวยการสำนักหอสมุด มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ และคณะฯ ในการรวบรวม บันทึกข้อมูลการตีพิมพ์และข้อมูลการอ้างอิงของบทความในวารสารสาขามนุษยศาสตร์และสังคมศาสตร์ของไทย โดยใช้ฐานข้อมูลที่มีอยู่ของศูนย์ TCI ซึ่งในการบันทึกรายการอ้างอิงนี้ จะแตกต่างจากการบันทึกบทความในสาขาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี นั่นคือ จะบันทึกรายการอ้างอิง (cited references) ทุกประเภท ทั้งที่เป็นบทความจากวารสารไทย หนังสือ/รายงานการวิจัยไทย บทความจากการประชุมวิชาการไทย และวิทยานิพนธ์ไทย ในขณะที่บทความในสาขาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี จะบันทึกเฉพาะรายการอ้างอิงที่เป็นบทความจากวารสารไทยเท่านั้น

ปัจจุบัน ศูนย์ TCI มีคณะทำงาน 2 ส่วน คือ คณะทำงานวารสารด้านวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี ดำเนินงานโดย ศูนย์ TCI ที่มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี เป็นผู้รวบรวม บันทึกข้อมูล จัดเก็บ ตรวจสอบข้อมูล และประกาศค่าดัชนีผลกระทบการอ้างอิงของวารสารสาขาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี และ คณะทำงานวารสารด้านมนุษยศาสตร์และสังคมศาสตร์ ดำเนินการโดย ศูนย์ TCI ที่สำนักหอสมุด มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ เป็นผู้รวบรวม บันทึกข้อมูล จัดเก็บ ตรวจสอบข้อมูล ของวารสารสาขามนุษยศาสตร์และสังคมศาสตร์ อย่างไรก็ตาม ข้อมูลการตีพิมพ์และข้อมูลการอ้างอิงของวารสารทั้งสาขาวิทยาศาสตร์ฯ และมนุษยศาสตร์ฯ ยังรวมอยู่ในฐานข้อมูลเดียวกัน คือ ฐานข้อมูล TCI